Сусуму Накаси — 34-летний мужчина, который живёт в своей машине и страдает от полной потери памяти о своём прошлом и глубокой эмоциональной отстранённости. Он не чувствует ни радости, ни горя. Однажды его находит амбициозный студент-медик Манабу Ито, который ищет объект для своего рискованного эксперимента.
Ито предлагает Сусуму крупную сумму денег за участие в неортодоксальном исследовании. Эксперимент заключается в просверливании небольшого отверстия в его черепе (трепанации), что, по теории студента, должно открыть скрытые возможности мозга. Отчаявшийся Сусуму соглашается.
Операция проходит, но результатом становится нечто неожиданное. Сусуму обнаруживает, что когда он закрывает правый глаз, его левый глаз начинает видеть странных существ — так называемых «гомункулов». Это не обычные галлюцинации, а визуальные проявления подсознательных травм, страхов, желаний и скрытых черт характера окружающих его людей.
Теперь Сусуму, всё ещё не помнящий своего прошлого, оказывается обладателем пугающего «дара». Он видит самые тёмные тайны и внутренних демонов каждого человека. Этот новый мир, полный психологических монстров, становится для него одновременно проклятием и возможностью. Возможно, именно через этих «гомункулов» он сможет не только помочь другим, но и докопаться до правды о своей собственной потерянной личности и травме, которая сделала его таким.