Йоханнес растёт в Советском Союзе конца 80-х — начала 90-х, но его семья — ингерманландцы, что делает их положение немного особенным. В какой-то момент его мать, чтобы заработать денег, уезжает на работу в Финляндию. Мальчик остаётся с бабушкой и дедушкой в их небогатом доме.
И дальше начинается обычная жизнь обычного подростка, где бы он ни жил. Йоханнес влюбляется в одноклассницу, и это чувство кажется самым важным на свете. Он ввязывается в школьные драки, чтобы доказать что-то себе или другим. Он ссорится и мирится с друзьями, пытается найти своё место в коллективе, переживает из-за оценок и внешности. Мир вертится вокруг этих простых, но таких острых для него вещей.
А в это время на заднем плане его жизни, словно декорации в плохо закреплённом театре, рушится огромная страна. Советский Союз, который всегда был, казалось, навсегда, даёт трещины. По телевизору говорят о странных вещах — перестройке, дефиците, митингах. В магазинах пустые полки, взрослые говорят тише и озабоченнее. Флаг над зданием райкома могут сменить за одну ночь.
Но для Йоханнеса всё это — шум, фон. Его личная драма влюблённости или ссоры с другом кажется ему куда важнее и реальнее, чем падение какой-то там империи. История «Прощай, СССР» — это как раз об этом: о том, как глобальные исторические катаклизмы проживаются обычным парнем, для которого главным событием эпохи становится не развал сверхдержавы, а первая любовь и попытка понять, кто он такой в этом внезапно пошатнувшемся мире.