После событий первого фильма Джейк Салли и Нейтири создали семью и живут в лесах Пандоры. Их спокойствие разрушает возвращение «людей в железе» — корпорации RDA, которая теперь ведёт полномасштабную колонизацию планеты.
Чтобы защитить свой лесной клан Оматикайя и не навлекать на них беду, Джейк с семьёй (Нейтири и детьми: Нетейамом, Ло’аком, Туктиреем и маленькой Тукой) вынуждены бежать. Они находят убежище у клана Меткайина — народа рифов, живущего у океана.
Им приходится учиться новой жизни под водой: дышать, охотиться, общаться с морскими существами. Главная трагедия семьи — гибель их старшего сына, Нетейама, который погибает, защищая младших братьев во время атаки людей.
Эта потеря становится незаживающей раной для Джейка и Нейтири. Противостояние обостряется не только с людьми, но и с враждебным кланом На’ви. Речь идёт о клане «Огня» (Аш-Клан), вождём которого является Варанг. Этот клан, в отличие от большинства На’ви, пошёл на союз с людьми ради ресурсов и силы. Они используют новые технологии и ведут себя агрессивно по отношению к другим кланам.
Таким образом, семье Салли предстоит вести войну на два фронта: против безжалостной земной корпорации RDA и против своих же сородичей — клана Варанга, предавшего принципы Эйвы ради власти. Их главная задача — сплотить разрозненные кланы На’ви перед общей угрозой, пережить горечь утраты и отстоять своё право на жизнь на Пандоре.