Джеймс Сандерленд опустошён. Его любимая жена Мэри три года назад умерла от тяжёлой болезни. Он всё ещё не может смириться с потерей. В этот момент он получает загадочное письмо, подписанное её именем. В письме Мэри пишет, что ждёт его в их «особом месте» — в курортном городке Сайлент Хилл, где они провели счастливые мгновения.
Охваченный смесью надежды и безумия, Джеймс отправляется в путь. Но город, в который он попадает, — это не тот мирный курорт из его воспоминаний. Сайлент Хилл окутан непроницаемым туманом, с неба сыплется пепел, а улицы пустынны и заброшены. Город изменился, превратившись в отражение его собственного повреждённого сознания, полное кошмаров и чувства вины.
На улицах он встречает пугающих, искажённых существ, которые кажутся материализацией его страхов, агрессии и подавленных желаний. Среди них — знаковый монстр Пирамидоголовый, олицетворяющий его потребность в наказании. Он также встречает других потерянных душ: Анжелу, ищущую своего отца-насильника, и Эдди, бегущего от последствий своего преступления.
Джеймс исследует гниющие отели, больницы и тюрьмы города, разгадывая головоломки и находя ключи к разгадке. Он начинает встречать женщину, похожую на Мэри, но которая ведёт себя странно и жестоко, называя себя Марией. Реальность и иллюзия смешиваются. Он не может понять, действительно ли его жена жива и ждёт его, или же весь город — это ловушка, созданная его психикой, чтобы заставить его столкнуться с правдой о смерти Мэри и его собственной роли в их прошлом.
Чтобы «спасти» свою возлюбленную и выбраться из Сайлент Хилла, Джеймсу предстоит пройти через самый страшный кошмар — познать самого себя и принять своё прошлое, каким бы ужасным оно ни было. Это путешествие в самое сердце тьмы, где монстры — не снаружи, а внутри.