Основная история делится на две части, которые потом соединяются.
Первая часть — про команду «Йоро-зуя». Гинтоки, Кагура и Синпати, как всегда, сидят без денег. Они уже три месяца не платят за аренду офиса. Чтобы раздобыть хоть какую-то копейку, они пытаются найти подработку. Но куда бы они ни сунулись — в кафе, на стройку — везде им на глаза попадается сёгун (правитель страны). Он просто живет обычной жизнью, но каждый раз встреча с ним заканчивается для ребят полным провалом и новыми разрушениями. Получается очень смешно и нелепо.
Вторая линия — про полицию Синсэнгуми. Внутри отряда зреет заговор. Некоторые офицеры хотят сместить своего доброго, но простоватого начальника Кондо Исао и захватить власть. Для этого они подставляют его верного заместителя, Хидзикаты. Заговорщики внедряют Хидзикате в шею специальный чип, который подавляет его волю и превращает в послушную куклу. Под контролем чипа Хидзиката должен убить Кондо.
Эти две истории сталкиваются, когда сёгун решает посетить публичный дом, куда как раз заглянули Гинтоки с командой, пытаясь подработать. В это же время заговорщики приводят туда же зомбированного Хидзикату, чтобы убить Кондо, который сопровождает сёгуна. Вся эта погоня, драка и неразбериха происходит прямо в этом заведении. Гинтоки, поняв, что с Хидзикатой что-то не так (он даже перестал есть свою любимую майонез), вмешивается. Ему приходится не только спасать сёгуна от последствий очередного «несчастного случая», но и помочь Хидзикате сбросить контроль чипа и остановить заговор внутри Синсэнгуми.
В итоге, как всегда, они всех спасают, но денег так и не зарабатывают, а их офис оказывается разрушен еще сильнее. Главная мысль простая: даже в самых дурацких и опасных ситуациях важно оставаться собой и защищать своих друзей.