Прошло два года с тех пор, как Брюс Уэйн надел костюм, чтобы терроризировать преступников Готэма. Для города он не герой в ярких тонах, а что-то вроде тёмной легенды, призрака, который карает страхом. Он ещё не символ надежды, а скорее воплощение безжалостного возмездия.
Но в Готэме появляется новый кошмар. Кто-то начинает методично убивать самых влиятельных и, казалось бы, безупречных чиновников города. Убийца, называющий себя Загадочником, оставляет после себя шифры и зловещие послания, адресованные лично Бэтмену. Каждое новое преступление — это кусок головоломки, которая разоблачает гнилой фундамент, на котором стоит весь Готэм.
Расследуя это дело, Бэтмен вынужден спуститься в самые грязные и тёмные закоулки города. На этом пути он сталкивается с ключевыми фигурами преступного мира. Он встречает Селину Кайл — загадочную воровку, известную как Женщина-Кошка, у которой свои счёты к сильным мира сего. Ему приходится иметь дело с Освальдом Кобблпотом (Пингвином), криминальным дельцом, который контролирует подпольные клубы и наркотрафик. И за всем этим маячит тень давнего криминального босса, Кармайна Фальконе, чья коррупция пронизывает город насквозь.
Чем глубже Бэтмен копает, тем яснее понимает, что Загадочник охотится не просто на людей, а на саму систему лжи, которую Брюс Уэйн, как наследник своего отца, тоже косвенно поддерживал. Убийца ставит под сомнение всё, во что верил Бэтмен, превращая его из охотника в мишень. Теперь он должен не только остановить маньяка, но и решить, может ли он, как символ страха, стать чем-то большим. Ему предстоит отличить союзников от врагов в мире, где грань между ними стёрта, и найти способ спасти душу Готэма, пока город окончательно не погрузился в хаос, который сам же и породил. Это история о том, как Бэтмен из тени возмездия начал путь к тому, чтобы стать лучом в самом тёмном городе.