«Инцидент Дарвина» рассказывает о Чарли, необычном подростке, который вырос не в обычной семье, а у приёмных родителей-людей после экстраординарного начала жизни: его мать, беременная шимпанзе, была освобождена радикальной группой защитников животных из научно-исследовательской лаборатории, и на свет появился гибрид человека и шимпанзе — так называемый «хуманзи». За годы, прошедшие с тех пор, Чарли научился говорить, мыслить и двигаться так, что эти вещи кажутся почти сверхъестественными по меркам обычных людей, но в то же время его отличие от других становится источником недопонимания и напряжения в окружающем мире.
В пятнадцать лет Чарли впервые идёт в обычную старшую школу, надеясь понять, как устроена жизнь сверстников и где его место среди них. Там он встречает Люси — тихую, умную девушку, которой не особенно легко даются простые школьные разговоры и дружба, но с которой Чарли начинает находить общий язык. Их знакомство не похоже на клишированную подростковую дружбу: это скорее попытка двух людей, которые по-своему чувствуют себя чужими в собственном мире, понять друг друга.
Однако спокойно наблюдать за школьной жизнью Чарли не удаётся. Тени из прошлого снова выходят на передний план, поскольку организация, известная как «Альянс за освобождение животных» (ALA), проявляет к нему всё больший интерес. Они видят в Чарли не просто живое существо, а нечто, что может перевесить чашу их борьбы с тем, что они считают жестокой эксплуатацией животных человеком. Этот конфликт заставляет Чарли задуматься не только о собственном месте в мире, но и о том, что значит быть человеком — с его правами, обязанностями и моральными дилеммами.
Сериал адаптирован по комиксу Шуна Умэдзавы и сочетает фантастические элементы с морально-этическими вопросами о идентичности, дискриминации и ответственности. Авторы не ограничиваются приключениями; они показывают, как общество реагирует на то, что выходит за рамки привычного, и заставляют зрителя самому думать о том, где проходит граница между участием и вмешательством, а также каковы настоящие последствия борьбы за идеалы.