Горилла Гродд запускает в Готэме своё новое изобретение — квантовую машину времени. В эпицентре её взрыва оказываются Бэтмен, его главные противники (Джокер, Двуликий, Ядовитый Плющ, Пингвин, Смертоустый Крок и другие), а также Женщина-кошка и верный Альфред. Все они переносятся в прошлое — в феодальную Японию эпохи Сэнгоку.
Оказавшись в совершенно другом мире, злодеи Готэма быстро адаптируются. Они используют свои таланты и современные (для них) знания, чтобы захватить власть и стать даймё — военными правителями отдельных княжеств. Они ведут между собой непрерывные войны, используя армии самураев и ниндзя, а также создавая гигантские, стилизованные под японскую эстетику мехи-форты. Самый могущественный из них — Джокер, который, наконец, получил царство, достойное его хаоса, и с нетерпением ждёт прибытия своего «дорогого друга».
Бэтмен, чтобы выжить и вернуться в своё время, вынужден стать тем, кем он никогда не был в современном мире — настоящим ниндзя. Он обучается у местных мастеров, осваивает новые приёмы скрытности, мечи и сюрикены. Ему помогают двое: его давняя союзница-соперница Женщина-кошка, которая с лёгкостью вписалась в эту эпоху, и Альфред, проявивший неожиданные таланты в древней японской стратегии и культуре.
Бэтмену предстоит не просто победить каждого из злодеев по отдельности, а столкнуться с их объединённой мощью в финальной грандиозной битве замков-гигантов (меха). Ему придётся объединить кланы ниндзя и обратиться к силам древней японской магии, чтобы противостоять угрозе, которая может навсегда изменить ход истории Японии. Фильм — это яркое, безумное и стилистически изысканное аниме, где западные комиксные персонажи полностью переосмыслены через призму японской истории и культуры, даря зрителю необычный кроссовер боевых искусств, гигантских роботов и готической эстетики Бэтмена.
