После побега из Лабиринта и катастрофы в убежище «Канувший рай», Томас и его друзья-глейдеры присоединяются к Сопротивлению — группе выживших иммунных, воюющих с организацией ПОРОК. Они узнают, что ПОРОК планирует окончательно стереть с лица земли то, что осталось от человечества, выпустив новый, ещё более смертельный штамм вируса «Флейр».
Единственная надежда — проникнуть в самое сердце ПОРОКа, цитадель под названием «Последний город». Это не просто укреплённая база. Это гигантский, технологически продвинутый мегаполис-лабиринт, где каждый район представляет собой новое испытание: ловушки, модифицированные заражённые (Кранки), и отряды дисциплинированных солдат ПОРОКа. Город построен на руинах старого мира и хранит не только лаборатории, но и все архивы организации.
Миссия глейдеров — двойная. Во-первых, они должны добыть исходный код — чистое генетическое ядро вируса, необходимое учёным Сопротивления для создания вакцины. Оно хранится в центральном хранилище данных. Во-вторых, Томас лично хочет найти и обезвредить главного архитектора ПОРОКа, создателя Лабиринтов, чтобы получить ответы: зачем их туда поместили, почему они иммунны и какова истинная цель всего эксперимента.
Их отряд проникает в город, но очень скоро оказывается разделён. Им приходится использовать навыки, полученные в Лабиринте, чтобы выживать на улицах, заражённых и кишащих солдатами. Томас обнаруживает, что «Последний город» — это финальная фаза многолетнего плана ПОРОКа. Эксперимент с Лабиринтом был лишь первым этапом отбора самых сильных и умных иммунных. Тех, кто выжил и дошёл сюда, ПОРОК рассматривает не как угрозу, а как идеальный генетический материал для «перезагрузки» человечества под своим контролем.
Выясняется, что некоторые из старых друзей Томаса могут быть вовлечены в эту схему глубже, чем кажется. Ему предстоит не только сражаться с внешним врагом, но и разобраться, кому из его команды можно доверять, когда сама цель их миссии — спасение человечества — оказывается поставлена под сомнение. Их последний бег — это битва за саму душу того, что осталось от людей.