В центре истории — человек, которого практически никто не считает человеком. Он появился на свет не как обычный ребёнок, а как результат сложных экспериментов: генетически модифицированный убийца, созданный с одной ясной задачей — выполнять заказы на устранение целей по всему миру. Его называют просто Агент 47, и единственное, что выделяет его из толпы, — штрих‑код на затылке.
Но сюжет разворачивается не вокруг очередной сделки или перестрелки, а вокруг того, что этот "безэмоциональный инструмент" вдруг оказывается втянутым в нечто личное. Катя — молодая женщина с необычными способностями чувствовать и слышать мир сильнее, чем обычные люди, — ищет своего отца, доктора Литвенко, того самого учёного, который когда‑то создал программу, породившую Агентов.
И вот Агент 47 получает приказ найти Катю. На первых минутах их знакомства он ведёт себя так, как будто она — просто ещё одна цель, но по ходу дела выясняется, что история гораздо запутаннее и глубже. 47 узнаёт, что Катя сама является частью того же эксперимента, причём её способности превосходят его собственные, и что именно она может помочь обнаружить Литвенко. Они убегают, сражаются, снова убегают — в фильме много пуль, взрывов и столкновений с разными группировками, но из неуклюжего напарничества между холодным убийцей и тревожной девушкой постепенно вырастает нечто живое.
Путешествие ведёт героев до Сингапура, где Литвенко живёт в уединении и борется с болезнью. В этих сценах становится ясно, что его отказ от программы был не актом трусости, а попыткой спасти дочь от той жизни, в которую он сам втянул её ещё в детстве. Конфликт достигает пика, когда враги похищают Литвенко, и Катя, преодолевая страх, организует рискованную спасательную операцию, а Агент 47, высоко оплачиваемый убийца, вдруг оказывается тем, кто делает невозможное, чтобы защитить семью, которой никогда формально не было.
Финал фильма оставляет ощущение, что эта история о клонах и наёмных убийцах на самом деле о том, что даже программированных людей можно втянуть в щемящую, странную, но очень человеческую связь — когда вопросы о происхождении, выборе и свободе вдруг оказываются важнее, чем количество снятых врагов и эффектных боёв.
