В центре истории — двойняшки Элиас и Лукас, которые живут с матерью в большом, отдалённом доме у кукурузного поля. Лето, тишина, редкие гости — обычная сельская обстановка, где время как будто замедляется. Мать уезжала на операцию по реконструкции лица и возвращается домой вся в бинтах: от ран после хирургического вмешательства почти ничего не видно, кроме глаз и рта.
То, как женщина ведёт себя после возвращения, постепенно настораживает мальчиков. Раньше она была более тёплой и вовлечённой, а теперь часто кажется холодной, строгой и далёкой; к тому же она ведёт себя так, что один из братьев чувствует себя оставленным в стороне. Правила дома становятся необычными: шторы держат закрытыми днём, внутри нужно быть тихо, играть можно только снаружи. Всё это вызывает у детей всё новые вопросы о том, кто эта женщина на самом деле.
Близнецы всегда были командой, и их связь — это то, что определяет большую часть их действий. Они вместе исследуют дом и территорию вокруг, разговаривают о том, что видели раньше на семейных фотографиях, и сравнивают это с тем, что происходит сейчас. Постепенно их подозрения перерастают в настоящую одержимость — они пытаются понять, настоящая ли эта мама и что произошло с той женщиной, которая ухаживала за ними до её отъезда.
Для зрителя фильм действует не только как хоррор, но и как исследование того, как дети справляются с переменами и тревогой. Режиссёры создают напряжение не столько за счёт резких громких сцен, сколько через длительное ощущение тревоги и недоверия: мы вроде бы видим простой день за днём, но в каждой сцене кроется что‑то, что шевелит внутри чувство беспокойства.
Спокойной ночи, мамочка не рассказывает легко и прямо о своих персонажах — она оставляет место для размышлений и сомнений, заставляет зрителя самим додумывать и сопереживать детям, которые пытаются разобраться в том, что произошло в их жизни, и понять, кому можно верить.