«Превосходство Борна» рассказывает о том, как человек, который пытался оставить прошлое позади, вдруг понимает, что прошлое не хочет отпускать его. Два года спустя после событий первой части бывший оперативник ЦРУ Джейсон Борн живёт вместе с Мари на индийском побережье, но спокойная жизнь рушится, когда на него снова находит охота. Его втягивают в сложную паутину интриг: его подставляют под серьёзное обвинение, и теперь Борн не просто пытается спастись, он вынужден использовать навыки, о которых всегда мечтал забыть.
Сюжет перемещается между разными городами — от тихих улочек Азии до оживлённых европейских улиц, где Борн постоянно обходит заговорщиков и пытается найти зацепки, которые помогут доказать, что он не тот человек, за которого его выдают. Параллельно он сталкивается с агентами своего бывшего работодателя: некоторые уверены, что он совершил преступление, другие начинают сомневаться в официальной версии произошедшего.
В фильме много напряжённых моментов, погони сменяются скрытыми наблюдениями и перестрелками, но при этом история не сводится только к экшен‑сценам. Перед зрителем разворачивается образ человека, который, несмотря на травмы и ошибки прошлого, пытается понять, кому можно доверять и чем закончится его путь.
Актёр Мэтт Дэймон снова воплощает Борна — человека, который пытался жить просто, но вынужден вновь окунуться в мир шпионских игр и секретных операций. По ходу развития истории он встречает старых знакомых и новых соперников, а его попытки разобраться в том, кто стоит за текущими событиями, приводят к неожиданным открытиям.