Сиквел, который вышел спустя много лет после оригинальной трилогии, начинается с того, что мы видим Томаса Андерсона. Он больше не тот хакер из девяностых. Теперь он успешный и известный геймдизайнер, который как раз и прославился созданием культовой трилогии видеоигр под названием «Матрица».
Жизнь его кажется налаженной, но временами с ним случается нечто странное. Реальность вокруг словно даёт сбой: замирает изображение, появляются странные блики, ему мерещатся знакомые лица в толпе. Чтобы справиться с этим, Томас исправно ходит к терапевту, который уверяет его, что всё это — лишь отголоски стресса, побочный эффект его бурной фантазии. Андерсон и сам почти в это поверил, заглушая тревогу синими пилюлями, которые ему прописали.
Всё меняется в один день, когда к нему напрямую выходит девушка-хакер по прозвищу Багз. Она словно сошла со страниц его же игр — уверенная в себе, разбирающаяся в коде и знающая о нём такое, чего не может знать никто. Багз даёт ему выбор, бросая ту самую, знаковую фразу: снова последовать за белым кроликом.
Эта встреча запускает цепь событий, которая рушит хрупкое спокойствие Томаса. Постепенно он начинает понимать, что его нынешняя жизнь — не просто воспоминания о старых играх, а новая, более сложная и изощрённая версия той самой Матрицы, из которой он когда-то, казалось бы, выбрался. И чтобы докопаться до правды и вновь обрести себя — того, кого когда-то звали Нео, — ему придётся оставить свой комфортный мир и снова погрузиться в кроличью нору, рискуя всем, что у него якобы есть.