Это не историческая Япония, а альтернативная реальность конца XIX века, где страну захватили не европейцы, а инопланетяне («амаанто»). Они установили свой контроль, запретили самураям носить мечи, а человечество погрузилось в странный симбиоз феодальных порядков и космических технологий.
Главный герой — Гинтоки Саката, бывший легендарный самурай, сражавшийся в войне против пришельцев. Теперь он живёт как неудачник, зарабатывая на жизнь случайными подработками в своей конторе «Ёро Добу». Он валяется на диване, читает журналы и ест клубничные суфле, стараясь забыть прошлое.
Всё меняется, когда Гинтоки узнаёт, что его старый друг детства и бывший товарищ по войне, Сигэсигэ Такасуги, лидер повстанцев, убит в поединке на мечах с таинственным самураем. Хотя Гинтоки и пытался уйти от своего самурайского прошлого, новость о смерти друга заставляет его вернуться в мир, который он хотел забыть.
Он начинает расследование и выясняет, что убийство может быть связано с легендарным клинком «Бэнидзакура» и опасным экспериментальным оружием пришельцев. Вместе со своими напарниками — вечно голодной инопланетянкой Кагурой и фанатиком мечей Симурой Синпати — Гинтоки вынужден снова взяться за свой деревянный меч, чтобы докопаться до правды. Ему предстоит столкнуться не только с могущественными врагами, но и с призраками своего собственного прошлого, которые напоминают, что долг самурая и верность друзьям — это то, что нельзя похоронить, даже в самом абсурдном мире.