Действие фильма разворачивается в Новой Англии примерно в 1630‑е годы. Пуританская семья — отец Уильям, его жена Катерина и их пятеро детей — оказывается изгнанной из своей общины из‑за разногласий в вероучении. Они оставляют привычную жизнь позади и тащат повозку к болотистой земле на краю густого леса, надеясь начать всё сначала и жить по своим правилам.
В новой хибаре рождается ещё один ребёнок. Это малыш Самуэль, и ему доверяют заботу старшей дочери Томасин. Однажды она играет с ним у ручья, закрывает глаза на секунду — и когда открывает их, ребёнка уже нет. Семья отчаянно ищет, но Самуэля не находят. Отца это выбивает из колеи, мать уходит в бесконечные рыдания и молитвы, а у всех остальных начинает развиваться ощущение, что что‑то неуловимое и злое скрывается за деревьями.
С каждым днём атмосфера вокруг становится всё тяжелее. У них не растёт урожай, домашние животные ведут себя странно, и все постепенно теряют ясность ума. Брат Томасин, Калеб, пугается не только потери брата, но и собственных сомнений: он начинает задумываться о спасении души Самуэля, ведь тот ещё не был крещён.
Маленькие близнецы, Мэрси и Джонас, то и дело играют с чёрным козлом по имени Блэк Филлип, и говорят, что он им что‑то нашёптывает. Со временем подозрения падают на Томасин, и члены семьи начинают обвинять друг друга, когда всё идёт наперекосяк — вплоть до смерти Калеба после странной прогулки в лес.
Когда всё окончательно разваливается, Томасин остаётся одна. Последние сцены показывают, как она вступает в контакт с тем, что раньше было козлом, а теперь предстает перед ней человеком. То, чего она хочет — свободы, понимания или просто выхода из кошмара — толкает её к решению, от которого нет возврата.