В фильме «Мегалодон: возвращение Акулзиллы» сюжет начинается с эксперимента в биологическом научно‑исследовательском институте на берегах Тихого океана. Группа учёных разрабатывает технологию ускоренного размножения морских видов, чтобы помочь рыбам с низкой рождаемостью. Казалось, что это необычный, но полезный проект — до тех пор, пока один из участников, Мо Лэй, не решает сохранить детёнышей акул вопреки приказам разрушить все образцы.
Ситуация выходит из‑под контроля: во время транспортировки Мо Лэй попадает в несчастный случай, и молодые акулы убегают в систему канализации, а затем оказываются в открытом море. Вскоре по всему побережью появляются сообщения о нападениях акул на людей, и становится ясно, что это не обычные хищники. Рой мелких, но необычайно агрессивных акул сопровождается тенью более крупной и опасной особи, которая угрожает рыбакам, отдыхающим на пляжах, и членам команд спасательных служб.
Доктор Юань Цун, человек, который первым заподозрил возможные экологические последствия эксперимента, теперь вынужден признать: попытка вмешаться в природу обернулась серьёзной угрозой. Вместе с морским агентом Цзя‑эм они отправляются отслеживать следы акул и понять, как остановить наступающую опасность. Их путь ведёт от лабораторных берегов в зону, где акула‑гигант, получившая неофицальное прозвище «Акулзилла», проявляет свой потенциал хищника.
Фильм балансирует на грани фантастики и ужасов: исследователи и военные пытаются координировать свои действия, но каждое новое нападение показывает, насколько мало они понимают поведение этих мутировавших созданий. Борьба разворачивается не только с одной безумно большой акулой, но и с целыми косяками агрессивных хищников, которые словно отозвались на изменения, произошедшие в океане.
